物流整合的阻力主要有几个方面，杭州托运公司传统的组织结构会波及到任何一项跨本能部分功课的实行，因为传统的组织结构反应走出的是相对独立的部分运作，而物流整合则要求在各本能界限间实行高效的合营与协和。因而，实践物流整合首先要从调节企业组织结构着手。
假如在杭州托运公司内共享经验的实力遭到限定相同要紧波及到物流整合。譬如，当富有经验的工作人员因退休或其余缘故脱离企业时，不能对学问实行转化或转达，而新手又需要很长的一段时光才调适合，那么在这类状况下就会对整合造成阻力。
　　物流公司的信号体系传统上也是遵从组织结构的思绪来辞别实行设计的，这就使得公司很多数据库仅限于在特定的本能部分内运用，在触及跨本能部分时，信号难以共享。因而，不能完成信号共享无疑是物流整合的又一大阻力。
　　传统的绩效权衡体系往往是针对相对独立的组织部分而辞别制订准则实行审核，也就是说物流公司传统的绩效权衡体系基本上是依循企业传统的组织结构来设计的。实践物流整合，调节了传统的组织结构，就一定相应地调节绩效权衡体系，不然达不到预期的目标。
　　存货能够有用协助物流公司完成某一性能。取得存货所有权的传统方式是维持足量供给，以备平安起见，应同时防止需要及功课中的不肯定要素。但维持足量供给势必增添库存对财务资金的占用，同时相应增添危机。